Les miliciens Imbonerakure sont arrivés en groupe pour arrêter Emmanuel. Ce groupe comprenait quatre personnes. Il s'agit de: Frédéric, actuellement adjoint du Directeur Provincial d'Enseignement dans la province de Bujumbura Rural, Kamwenubusa Etienne Directeur de l'Ecole Primaire de Murama, Bonaventure fils de Kamwenubusa Etienne et Noël Ntakirutimana, enseignant à l'Ecole primaire de Gasi.
Le groupe est venu à pieds pour arrêter Emmanuel et il a été conduit au chef lieu de la commune Nyabiraba où il a été embarqué dans un véhicule pic up de la police Nationale du Burundi. Le groupe accuse Emmanuel d'être à l'origine des problèmes de terre de sa province natal Bururi.
Bien avant son arrestation, une réunion entre les enseignants de l'Ecole primaire de Gasi et les parents avait eu lieu. L'objectif de la réunion était d'informer les parents que tout enseignant de la classe de 6ème année doit adhérer au système sous-entendu le parti au pouvoir, et que tout enseignant de 6ème non membre du CNDD FDD devra enseigner dans les classes inférieures.
Dans cette réunion, Emmanuel, enseignant de la classe de 6ème année, a pris la parole et a expliqué longuement qu'il n'existe aucune disposition légale contraignant un enseignant d'adhérer au parti au pouvoir pour enseigner en classe de 6ème année. Il a ajouté aussi que les militants du CNDD FDD ne sont pas plus préparés que les autres pour enseigner dans la classe de 6ème année, et que par conséquent cette proposition occasionnerait même des problèmes aux élèves de cette classe. Emmanuel a été beaucoup acclamé par les parents après son intervention.
L'arrestation de l'enseignant Emmanuel est survenu au moment où on entend ici et là que dans le programme du CNDD FDD, un changement doit être opéré de sorte que tous les enseignants de la 6ème année soient de ce parti. Le parti CNDD FDD sera enseigné dans cette classe, et les élèves auront une Carte Nationale d'Identité pour voter en 2015. L'âge minimal pour avoir une Carte Nationale d'Identité est de 16 ans au Burundi, et les élèves de la 6ème année ont presque tous un âge inférieur à 16 ans. Cela laisse entendre que les propos de l'enseignent Emmanuel sont en contradiction avec les intentions du parti CNDD FDD. Donc, le mobile de son arrestation n'est pas lié à la terre de sa province natale, mais il est de l'ordre politique.
La localité où Emmanuel a été arrêté, c'est le lieu de naissance du représentant provincial du parti CNDD FDD en province de Bujumbura. Emmanuel n'est pas un militant du parti CNDD FDD. Personne ne connait où il a été conduit. Ses proches se demandent s'il est encore en vie ou s'il aurait été tué.
